Philippe Besson wurde 1962 als Sohn des Schweizer Theaterregisseurs Benno Besson in Berlin geboren. Nach seinem Schulabschluss machte er eine Ausbildung zum Matrosen der Binnenschifffahrt. 1983 zog er in die Schweiz und arbeitete ab 1986 als Regiehospitant am Wiener Burgtheater, am Schauspielhaus Zürich und an der Comédie de Genève, die zu dieser Zeit sein Vater leitete.
1989 wurde Besson Regieassistent am Schauspielhaus Zürich, 1994 Oberspielleiter am Ulmer Theater. Nach drei Jahren als freier Regisseur ging er als Leiter der Sparte Kinder- und Jugendtheater an das Hans Otto Theater Potsdam. Unter seiner Leitung erhielt die Sparte den Brüder-Grimm-Preis des Landes Berlin. Seine Inszenierung „Wir alle für immer zusammen“ nach dem preisgekrönten Buch von Guus Kuijer in der Fassung von Philippe Besson und Andreas Steudtner wurde für den Deutschen Kindertheaterpreis 2008 und - in der Kategorie „Beste Regie im Kinder und Jugendtheater“ - für den Theaterpreis „Der Faust“ 2007 nominiert.
2009 wechselte Philippe Besson als Oberspielleiter an das Theater Junge Generation, Dresden, das er 2011 verließ, um wieder als freier Regisseur zu arbeiten, u. a. weiterhin in Dresden, Potsdam und Zürich. Neben Kinder- und Jugendtheaterstücken inszenierte Besson immer auch für Erwachsene.